San Nilo era uno de los muchos discípulos y defensores fervientes de San Juan Crisóstomo. Era funcionario en la Corte de Constantinopla, casado, con dos hijos. Mientras San Juan Crisóstomo era el patriarca, antes de su destierro (398-403), dirigió a Nilo en el estudio de la Escritura y en los trabajos de piedad. San Nilo dejó a su esposa y un hijo y se llevó al otro, Theodulos, con él, al Monte Sinaí para ser monje. El Obispo de Eleusa ordenó sacerdotes a ambos, a San Nilo y a su hijo. La madre y el otro hijo también abrazaron la vida religiosa en Egipto.

Desde su monasterio en Sinaí, San Nilo era una persona muy conocida a lo largo de la Iglesia Oriental; por sus escritos y correspondencia tuvo una parte importante en la historia de su tiempo. Era conocido como teólogo, estudioso Bíblico y escritor asceta, así que gente de todo tipo, desde el emperador hacia abajo, le escribía para consultarlo. Sus numerosos trabajos, incluso una multitud de cartas, consisten en denuncias de herejías, paganismo, abusos de disciplina y crímenes, reglas y principios de ascetismo, y sobre todo las máximas sobre la vida religiosa. Él advierte y amenaza a las personas en altos cargos, abades y obispos, gobernadores y príncipes, incluso al emperador mismo, sin miedo. Mantuvo correspondencia con Gaina, un líder de los godos, esforzándose en convertirlo del Arrianismo. Denunció vigorosamente la persecución de San Juan Crisóstomo al Emperador Arcadius y a sus cortesanos.